醫療機構污水中含有一些特殊的污染物, 如藥物、消毒劑、診斷用劑、洗滌劑, 以及大量病原性微生物、寄生蟲卵及各種病毒, 如蛔蟲卵、肝炎病毒、結核菌和痢疾菌等。對于鄉鎮衛生院, 根據GB18466- 2005《醫療機構水污染物排放標準》中的規定, 縣級以下或20床以下的綜合醫療機構和其他所有醫療機構的廢水不經處理嚴禁排放, 原有的小型醫療機構均需增設醫院污水處理設備。